Questa chiesa, unitamente a Santa Maria degli Angioli di Lugano, contiene i più importanti e significativi affreschi rinascimentali della scuola pittorica lombarda nel Ticino. Risale agli ultimi decenni del XV secolo e venne consacrata nel 1505. Facciata a capanna e interno corrispondente al tipo delle chiese conventuali dei Frati Minori, al cui convento, fondato nel 1480, apparteneva.

All’interno una parete divisoria separa l’aula dei fedeli – caratterizzata dal soffitto ligneo con decorazioni pittoriche barocche – da quella dei monaci; su questa parete divisoria è di notevole valore l’affresco della Crocifissione, cui fanno da cornice quindici riquadri raffiguranti scene della vita di Gesù Cristo, separati da lesene con motivi ornamentali allegorici. E' un'opera grandiosa, databile tra il 1495 e il 1505, di ignoto artista lombardo. Questa parete affrescata esercita su chi l'osserva un' effetto di grande intensità, che si risolve nella contemplazione globale dell'opera, cogliendo nell'insieme una sintesi di alta espressività. Altri affreschi impreziosiscono questa chiesa e nella cappella a sud, detta anche "Cappella delle Grazie", sta il dipinto raffigurante la "morte della Madonna": la Vergine è circondata dagli apostoli con sullo sfondo un soave e sereno paesaggio.