Il Santuario sorge di fronte all’Isola Comacina in un luogo completamente isolato, circondato da prati, uliveti e boschi e si presenta ai pellegrini come un poggio da cui si ha il panorama di tutto il centro del lago di Como : Tremezzo, Bellagio, Varenna con in lontananza le "Grigne" di Lecco e le prime cime imbiancate delle Alpi.

All’esterno, il Santuario colpisce il visitatore per il caratteristico campanile, costruito in blocchi di granito, a picco sulla valle e che caratterizza l’intero complesso architettonico con la sua significativa presenza.

L’interno della chiesa è a una sola navata divisa in quattro campate con altrettanti archi corrispondenti con capitelli di ordine ionico ed è decorato da stucchi e affreschi.

Due porzioni di parete parallele alla facciata con due pilastri corinzi sostengono l’arco di accesso al coro costruito tra il 1709-1730 nel cui centro si eleva, su marmi pregiati, l’Altare maggiore sormontato da un tempietto sostenuto da quattro colonne.

Sopra l’Altare laterale di destra vi è una tela del pittore F. Grandi della fine dell’800 rappresentante S. Giuseppe. Il quadro, che si trovava su un altare della Basilica vaticana, fu donato al Santuario durante il pontificato di Giovanni XXIII.

A sinistra, nella Cappella votiva del Santuario, è conservata l’antica statua della Madonna in marmo bianco.

Sopra l’altare laterale di sinistra è affrescato il dipinto miracoloso "La Vergine con il Bambino e S. Eufemia" . La figura di S. Eufemia, patrona della vicina Parrocchia di Isola, è stata dipinta sopra l’immagine originale di un frate orante.

Oltre ad un interessante organo del ‘700, in sagrestia spicca un monumentale armadio in noce massiccio del 1711.

Oltre all’antica e miracolosa statua di marmo bianco della Beata Vergine del Soccorso, sono di particolare bellezza i quattordici tempietti in stile barocco che ornano per un chilometro il percorso del viale che porta al Santuario.

All’interno racchiudono scene con statue in stucco e terracotta di grandezza naturale e con affreschi della vita di Gesù e della Madonna, ricordati nei misteri del Rosario.

Queste raffigurazioni sono molto suggestive e servono a preparare l’animo del pellegrino alla preghiera. Queste Cappelle, realizzate tra il 1635 e il 1710, sono opera dello stuccatore Agostino Silva di Morbio nel Canton Ticino (Svizzera) che operò nella Diocesi di Como e in altri importanti centri come Assisi, Urbino e nelle Cappelle del Sacro Monte di Varese.

Le opere del Silva non sono interessanti solo dal punto di vista artistico ma anche dal punto di vista umano poiché tali scene di vita, con i caratteristici costumi, strumenti di lavoro, ecc., sono rari esempi d’altra epoca (sec.XVII) da conservare e tramandare ai posteri.

La Comunità Europea ha finanziato nel 1997 un primo intervento di restauro riguardante alcune Cappelle.

Le pitture sono opera di Carlo Gaffuri,  Francesco Innocenzo Torriani e Giovanni Paolo Recchi.

Le Cappelle costituiscono un complesso architettonico che si inserisce molto bene nell’ambiente naturale circostante creando l’opportunità di spazi e di suoni che ancor più caratterizzano e valorizzano le sacre rappresentazioni interne con il loro contenuto di devozione e di fede.

La dolcezza del panorama, in cui il complesso è inserito, invita ad una profonda devozione; infatti dai declivi coperti di vigneti, ulivi, agrumi e lauri si scorgono paesaggi incantevoli: l’isola di S. Giovanni o Comacina, la penisola di Lavedo, i promontori di Bellagio… e, in lontananza, i monti boscosi, le vette delle Grigne e del Legnone.